Lamune bercerita tentang seorang anak laki-laki bernama Kenji dan teman masa kecilnya, Nanami. Meskipun, semua orang sepertinya tahu bahwa mereka memiliki sebuah hubungan, keduanya tidak bertekad untuk memaksanya lagi daripada teman dekat. Cerita berlanjut melalui kilas balik, menjelaskan mengapa mereka berteman dekat dan tindakan apa pun tampaknya tidak mendorong mereka, tapi menarik mereka lebih dekat.