Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia berdarah, umat manusia berlindung di enam negara kota yang damai dan sempurna … setidaknya di permukaan. Namun, Shion – seorang warga elit dari negara-kota nomor 6 – mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat dia tinggal, berkat kesempatan bertemu dengan seorang anak laki-laki misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah salah satu dari banyak orang yang tinggal di padang gurun yang terpencil di luar tembok utopia yang seharusnya. Tapi meski mengetahui bahwa anak laki-laki lainnya adalah seorang buronan, Shion memutuskan untuk membawanya masuk semalaman dan melindunginya, yang berakibat fatal: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai membuat dirinya dikenal. Kini, setelah pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup, Shion dan Nezumi akhirnya berkumpul kembali – mantan elit dan anak laki-laki dalam pelarian akan segera memulai sebuah petualangan yang pada akhirnya akan mengungkapkan rahasia yang menghancurkan dari No. 6.